实验室基于学科发展和实验室建设，从顶层设计入手。先后出台了《GIS应用研究重庆市高校重点实验室经费使用管理办法》、《GIS应用研究重庆市高校重点实验室开放基金管理办法》、《GIS应用研究重庆市高校重点实验室面向本科生开放管理办法》、《GIS应用研究重庆市高校重点实验室学术成果资助管理办法》、《GIS应用研究重庆市高校重点实验室自主课题资助管理办法》、《GIS应用研究重庆市高校重点实验室学术交流活动资助管理办法》等相关制度，规章制度建设完善。

平台的日常运行管理直接接受重庆市高校重点实验室管理委员会和重庆师范大学重点实验室管理委员会的领导，实行实验室学术委员会指导下的实验室主任负责制。中国科学院地理科学与资源研究所孙九林院士负责学术指导委员会的工作，刘睿教授负责实验室的学术指导与发展规划。

实验室网站挂靠在学院网站并安排专人负责定期更新内容。实验室最新的研究成果、学术动态及时更新。